Náhrady za škody způsobené ve Zlínském kraji vybranými zvláště chráněnými živočichy se proplácejí na základě zákona č. 115/2000 Sb. Zdrojem financí je státní rozpočet a náhrada se poškozeným zasílá prostřednictvím Krajského úřadu Zlínského kraje. Například za loňský rok bylo takto proplaceno celkem 297 524 korun a letos tato částka prozatím činí 253 915 korun.

Většinou se jedná o škody způsobené vlkem na ovcích, bobrem na ovocných stromech, okrasných dřevinách a lesním porostu, nebo právě vydrou na rybách. Dříve se proplácely rovněž škody na rybách, které způsobil kormorán. Ten však již od roku 2013 není zařazen mezi vybrané zvláště chráněné živočichy.

Žadatel o náhradu škody musí svoji žádost podat na krajský úřad do deseti dnů od zjištění vzniklé škody a současně dodat i protokol o ohledání veterinárním lékařem (v případě škody způsobené na zvířatech) a stanovisko příslušného orgánu ochrany přírody, kterým je obec s rozšířenou působností. V případě, že ke škodě došlo na území chráněné krajinné oblasti, je orgánem ochrany přírody příslušným k šetření Agentura ochrany přírody a krajiny.