Co se týče investic, kraj v roce 2016 aktivně připravoval investiční záměry za účelem využití možnosti čerpání evropských i národních dotací. Vzhledem k tomu, že většina záměrů byla v roce 2016 ve fázi přípravy a přihlášení do jednotlivých programových výzev, došlo ke snížení objemu investičních výdajů. V roce 2016 poklesly investiční výdaje kraje ve srovnání se skutečností roku 2015 o více než polovinu. V roce 2016 bylo z rozpočtu Zlínského kraje vyčerpáno celkem cca 0,7 miliardy korun, což představuje 7,6 % z celkových ročních výdajů. Investiční akce realizoval přímo kraj, jeho příspěvkové organizace případně další subjekty z investičních dotací kraje.

Do investičních výdajů realizovaných Zlínským krajem v částce 109,5 milionu korun se řadí například vybudování výjezdové základny Zdravotnické záchranné služby Zlínského kraje v Buchlovicích (8,3 milionu korun), v Suché Lozi (11,9 milionu korun), navýšení základního kapitálu v Krajské nemocnice Tomáše Bati (50 milionů korun), přístavba kotelny v Domově pro seniory Lukov (7,4 milionu korun), aj.

Investiční dotace zřizovaným příspěvkovým organizacím dosáhly částky 325 milionů korun, z toho příspěvková organizace kraje Ředitelství silnic Zlínského kraje obdržela investiční příspěvek 238,3 milionu korun.

Investiční půjčené prostředky v částce 70,8 milionu korun byly poskytnuty Ředitelství silnic Zlínského kraje formou návratné finanční výpomoci na předfinancování investičních záměrů souvisejících s péčí o krajské silnice II. a III. třídy.

Z Fondu Zlínského kraje byly čerpány prostředky na realizaci investičních projektů ve výši 197 milionů korun, a to z Integrovaného regionálního operačního programu, Operačního programu Životní prostředí, Programu švýcarsko-české spolupráce, Operačního programu pro výzkum, vývoj a vzdělávání. Z fondu poskytl kraj finanční prostředky i na spolufinancování investičních projektů jiných subjektů, např. SK Hanácká Slávie - rekonstrukce umělého povrchu, Městský sportovní areál v Uherském Hradišti - rekonstrukce tréninkového hřiště, rekonstrukce softballového areálu Snails Kunovice, rekonstrukce fotbalového stadionu UT3G v areálu Vlastislava Marečka ve Zlíně, FC Slavičín - regionální hřiště s umělým povrchem, šatny a sociální zařízení. Také byl podpořen nákup velitelského automobilu pro velitele stanice Hasičského záchranného sboru Luhačovice a Slavičín. Investiční výdaje byly čerpány v rámci programu Na podporu obnovy venkova, programu Dotace pro jednotky sboru dobrovolných hasičů, programu BESIP a programu Podpora vodohospodářské infrastruktury. Investiční dotace obdrželo Sdružení pro rozvoj Báťova kanálu na budování mola v přístavišti Staré Město, Statutární město Zlín na spolufinancování okružní křižovatky ve Zlíně - Malenovicích a Povodí Moravy na investice na vodních tocích.

Součástí Závěrečného účtu je také Zpráva o výsledku přezkoumání hospodaření Zlínského kraje za rok 2016 Ministerstva financí České republiky. Její závěr uvádí, že "nebyly zjištěny chyby a nedostatky a nebyla zjištěna rizika, která mohou mít negativní dopad na hospodaření kraje v budoucnosti". Zastupitelstvo kraje tak může vyjádřit souhlas s jeho celoročním hospodařením za rok 2016 "bez výhrad".